Неговият баща, останал невръстен кръгъл сирак и по чудо жив след клането в 1876 г., е бил продаден като роб за половин лира в с. Дебращица, Пазарджишко. След Освобождението в 1878 г. работи като ратай и домашен слуга в Пазарджик, ограмотява се, става чиновник и дребен търговец, създава семейство с девет деца в Пазарджик, скоро след което умира.
Иван Батаклиев учи до пети гимназиален клас в родния си град, а след това завършва Пловдивската мъжка гимназия през 1909 година. Същата година се записва за студент в Софийския университет. Учи география и като втора специалност - история
През есента на 1912 г. Иван Батаклиев е повикан за редовна военна служба в Трети артилерийски полк в гр. Пловдив.
През пролетта на 1913 г. заминава за фронта край Кавадарци в Македония и взема участие в Междусъюзническата война, за което е награден с кръст "За храброст".
През учебната 1914/1915 г.Иван Батаклиев е назначен за гимназиален учител в Хасково.
При започването на Първата световна война през есента на 1915 г. е мобилизиран като командир на батарея и е на фронта до есента на 1918 година. По време на войната започва да пише статии за обекти, през които е преминал -за долината на р. Козлудере, приток на р. Вардар, Серското поле и Орфанския залив на Бяло море, където е стигнал с батареята си, отпечатани във в. "Балканска трибуна" . След демобилизацията през учителства в Пазарджик.Като учител Иван Батаклиев пише първата си научна
статия " Оризовата култура в Татар-Пазарджишкото поле",
отпечатана през 1921 г. в сп."Естествознание и география". През 1923 г. в резултат на продължителни проучвания на родния си град написва своя голям труд Град Татар-Пазарджик. Историко-географски преглед " издаден от Пазарджишката община. Главно въз основа на тази книга получава покана и на 29 май 1924 година постъпва като асистент по география в катедрата по обща география и културно-политическа география.
Иван Батаклиев е четвъртият преподавател в специалността география след професорите Анастас Иширков, Жеко Радев и доцент д-р Крум Дрончилов. За повишаване на научната си подготовка през учебната 1927/1928 г. специализира в Германия, в градовете Йена и Берлин.
Иван Батаклиев е от инициаторите за обединяване на географите в страната чрез създаване на Българско географско дружество и негов втори председател след проф. Иширков през периода от 1934 до 1945 година.
От 1934 г. става директор на Географския институт в Софийския университет "Св. Климент Охридски".
През 1936 г. проф. Иван Батаклиев е инициатор, организатор и главен секретар на „IV конгрес на славянските географи и етнографи" в София. Събитието е било широко отразено в средствата за масова информация, като най-голямото научно и културно събитие с международно участие от този род, провеждано до тогава в следосвобожденска България. На конгреса участват 323 учени от 10 страни, в т.ч. ок. 200 чуждестранни. Конгресът се е провел под върховното покровителство на държавния глава, Н.В. цар Борис III. За организирането и провеждането на конгреса проф. Иван Батаклиев е награден с орден "Св. Александър".
През учебната 1944/1945 г. е декан на Историко-филологическия факултет на Софийския университет. Участва в комисии на Министерство на външните работи, провеждащи конкурсни изпити за дипломатически аташета.
Още през 40-те години проф. И. Батаклиев изтъква предимствата на геополитическото разположение на България. Неговите аргументи от исторически, икономически и етнически характер за принадлежността на Западна Тракия към България са използвани в Париж през 1947 г. от българската делегация, която заминава да защитава българската национална клауза срещу претенциите на Гърция за Родопите при сключване на мирния договор след края на Втората световна война.
На 10 октомври 1947 година проф. Иван Батаклиев е неочаквано уволнен от Университета.Мотивировката е политическа - за "великобългарска противонародна дейност" и за социалдемократическата му партийна принадлежност от студентските години.
Проф. Иван Батаклиев намира физически и морални сили да продължи своите научни занимания на собствени разноски. Публикува редица статии в наши и чуждестранни издания. Голям брой от тях са посветени на родния му край Пазарджик.
През този период проф. Иван Батаклиев завършва своя капитален труд " Пазарджик и Пазарджишко. Историко-географски преглед (814 стр.), върху който е работил продължително време от 1925 до 1966 година. Книгата е издадена през 1969 г. и е уникално обстойно изследване, каквото не притежава нито един друг български град до момента. За тази му народополезна дейност за изучаване на географските условия и историческото минало на Пазарджишко, отразени в много трудове, през 1970 г. е удостоен с орден "Св. Св. Кирил и Методи", I степен.
Проф. д-р Иван Батаклиев умира на 15 декември 1973 г.
Провъзгласен е посмъртно за почетен гражданин на Пазарджик, на негово име са наименовани улица и „III основно училище" в града. В рамките на конференцията на българските географи през 1990 г. в Габрово е чествана научната дейност на проф. д-р Иван Батаклиев. В израз на признание за значителния му принос за българската наука през месец май 1998 г., във връзка честването на 100 години от учредяване на Географския институт в Софийския университет, една от аудиториите в Ректората е наименувана " проф. д-р Иван Батаклиев".