Строежът на църквата „Свето Преображение Господне” е започнал през 1859-60 година, а нейното освещаване става през 1862 г.
По време на църковно-народните борби гръцките духовници, които настояват богослужението да продължи да се води на гръцки език, са изгонени от църквата „Света Богородица” и на тях е предложено да служат в параклиса „Света Неделя”, намиращ се в непосредствена близост до храм „Света Богородица”. Те обаче решават с помощта на български еснафи да построят храм, в който да се служи на гръцки език.
Оттам идва и названието на храма - „гръцката” църква - което всъщност е неточно, защото църквата е българска и строена от българи.
В двора на храма се е помещавал първият пансион на града за социално слаби и самотни хора. Църквата е била действаща до 1994 г., когато е затворена след пожар в старата поща (часовниковата кула-символ на град Пазарджик). Тогава настоятелството на църквата „Света Богородица“, под чието попечителство е "гръцката църква", складира около и в храма останалия от пощата дървен материал. С течение на времето църквата и околохрамовото пространство се превръщат в склад за строителни материали, а дворът става практически непроходим.
За по-малко от 60 дни с помощта на доброволен труд от миряни и духовници, строителни предприемачи и община Пазарджик, храмът е почистен и преобразен.
Уникалният под с прекрасна автентична керамика е освежен. Изградени са пътеки тип калдъръм, които опасват храма от всички страни, а община Пазарджик озеленява и облагородява дворното пространство с прекрасни цветя и райграс; около тревните площи са поставени пейки за отдих.